济南市放生护生协会是经济南市政府部门批准成立的公益性社团组织。根据协会章程，协会建立了规范、健全的组织机构，保障各项工作依法依规开展。
会员代表大会是协会的最高权力机构，每届四年，负责制定放生规划和工作方针、审议理事会工作报告和财务报告、制定和修改协会章程、选举和罢免理事，并决定其他重大事宜。
理事会是会员代表大会的执行机构，在闭会期间领导协会开展日常工作，每年至少举行一次会议。理事会选举产生会长、副会长、秘书长，审议年度工作报告和财务报告，决定内部管理制度和重大事项。协会设常务理事会，由理事会选举产生，在理事会闭会期间行使相应职权，每半年至少举行一次会议。
协会设会长一名、常务副会长一名、副会长若干名、秘书长一名、副秘书长若干名。秘书长为协会法定代表人，主持办事机构开展日常工作。秘书处是协会的日常办事机构，受常务理事会领导。
协会还设立监事会，成员由理事会选举产生，负责监督协会及各级机构的工作、监督检查财务管理工作，并收集研究会员对协会工作的意见和建议。
此外，理事会可根据工作需要设立若干工作委员会、专业委员会，协助开展相关工作，并对自愿加入协会的各级地方放生协会进行业务指导。